Berikut merupakan sejarah singkat desa Padeg menurut silsilah.
Semenjak Kanjeng Sunan Dalem wafat pada tahun 1545 M yang menggantikan kedudukannya di Giri Putra ke Satu yaitu Sunan Seda Wangi namun tidak sampai lama digantikan adiknya Kanjeng Sunan Prapen.
Sesudah sementara waktu Kanjeng Sunan Prapen berhasrat membuat keris dari besi Cis (tongkat kayu yang bagian bawahnya disambung dengan besi) milik kakeknya (Kanjeng Sunan Giri), menjadi dua bilah keris, masing-masing diberi nama Sura Angun-angun dan Mahesa Sundari. Keris yang bernama Cis Sura Angun-angun sampai sekarang masih tersimpan di pesarehan Giri, sedang yang bernama Mahesa Sundari diberikan kepada orang bangsa melayu yang telah membuat ukir-ukiran gebyong di makam Sunan Giri. Dalam tahun 1625 M, Kanjeng Sultan Panjang menghadang Kanjeng Sunan Prapen di Giri karena akan berziarah serta membaca doa di makamnya Kanjeng Sunan Prabu Satmata, kala itu Kanjeng Sunan Prapen telah sampai usianya dan dimakamkan di gunung Prapen pada tahun 1625 M, yang menggantikan putranya yang bernama Panembahan Kawis Gawo.
Panembahan Kawis Gawo berputra empat orang yaitu:
- Panembahan Gang Anyar
- Panembahan Segoro Madu
- Panembahan Bebeluk
- Panembahan Agung
Dalam tahun 1641 M, Panembahan Senopati dari Mataram dengan diiringi oleh para Sentananya datang ke Giri menghadap Panembahan Kawis Gawo setelah menyembah kemudian mencium kaki sambil berkata mohon restu.Kanjeng Panembahan Kawis Gawo menjawab, "Anakku, aku telah maklum apa yang menjadi isi hatimu, engkau telah dipastikan oleh kehendang yang Maha Agung akan menjadi raja. Kesinilah engkau, duduklah bersama dengan anakku, engkau berdua mengakulah sebagai saudara di dunia dan di akhirat. Sentanamu agar duduk sesuai dengan pangkatnya masing-masing." Para Sentana semua menyampaikan bakti, Senopati berada di depan sedang para Bupati di belakang. Berkatalah Kanjeng Panembahan kepada segenap Bupati punggawa dan santri semua memberitahu. "Sekarang ini tanah Jawa yang bertahta sebagai raja adalah si anakku Senopati Ngalang yang menguasai tanah Jawa. Berdirilah kamu semua dan saksikan, itu semua telah dikehendaki oleh Yang Agung, seturun-turunnya besok akan menguasai pulau atau tanah Jawa"
Semuanya menyembah seraya menjawab "Daulat Tuanku, semoga terkabul serta mendapatkan berkah Paduka." Kanjeng Panembahan selanjutnya berkata, "Wahai anakku, Kic Jebeng Senopati sekarang kuberi nama dengan sebutan Sultan Mataram Abdur Rohman Senopati Ling Ngalanga." Kanjeng Panembahan kemudian mengangkat kedua tangannya berdoa, dan semua menjawab amin. Kanjeng Sultan Mataram kemudian mencium bahu Kanjeng Panembahan didekaplah kepalanya. Kanjeng Sultan Mataram kemudian memberikan hadiah-hadiah kepada segenap keluarga sanak serta marganya Kanjeng Panembahan. Kanjeng Sultan beserta para punggawa Mataram telah mengambil tempat duduk semua, serta bersantap makanan atas persediaan Kanjeng Panembahan. Piring satu dipergunakan berdua. Selesai makan, Kanjeng Panembahan berkata, "Wahai anak-anakku, semua jangan ada yang berbeda kehendak supaya ikhlas sebagai titah Tuhan Yang Maha Esa. Derajat kita telah dipastikan sendiri-sendiri, kumohon kepada Hyang Agung selamatkanlah dalam bersaudara, selalu ingatkanlah terhadap Gustinya, selamatkanlah dari awal hingga akhir." Semua menyembah sambil menjawab "Bagai burung, semoga terkabul sabda paduka.". Kanjeng Sultan kemudian mengambil minyak reksi (misik), dupam ratus (dupa), dan uang sakira (seloko) dibagikan rata kepada sanak saudara. Namun demikian Kanjeng Panembahan tidak mau mengambil bagian lebih dari bagian yang lain. Kanjeng Sultan kemudian berziarrah ke kubur para leluhur di Giri.
Kemudian Kanjeng Sultan minta pamit kembali ke Mataram, tidak lama lagi Panembahan Kawis Gawo telah sampai pada usianya (wafat) dan dimakamkan kumpul di gunung Prapen, yang menggantikan beliau di Giri adalah putranya yang nomor empat yaitu Panembahan Agung, berputra Panembahan Mas Witono. Sesudah sementara lamanya, Panembahan Mas Witono wafat, dan yang menggantikan adalah putranya Pangeran Mas Witono. Sesudah lamanya pangeran Mas Witono wafat dibunuh oleh Kanjeng Sunan Mangkurat I. Semestinya yang memegang atau yang berkedudukan di Giri adalah Putra Pangeran Mas Witono yang bernama Mbah Syayyid Sa'at Ibrihim, namun beliaunya tidak mau kedudukan atau pangkat jabatan. Akhirnya kekuasaan diturunkan kepada Raden Mas Kendaya, putra dari pangeran Tirto Negoro. Raden Mas Kendaya mempunyai dua orang putra yang tua bernama Tirta Tatakusumo dan yang muda bernama Raden Tirta Kusumo. Sesudah sementara lama, Raden Mas Kendaya wafat, lalu digantikan oleh putranya yang bernama Raden Tirtokusumo. Lalu, setelah wafat, Raden Tirtokusumo digantikan yang bernama Pangeran Remelaten. Setelah Pangeran Remelaten wafat, yang berkedudukan di Giri digantikan oleh Pangeran Singosari yang berdiam di desa Gembyang. Ketika itu negeri Gresik memiliki dua bupati, yaitu Kyai Tumenggung Jaya Negara sebagai Bupati sesepuhan, dan Kyai Tumenggung Pusponegoro sebagai Bupati Kanoman.
Demikianlah sejarah singkat dari Mbah Syayyid Sa'at Ibrohim dan Mbah Syayyid Safi'uddin. Semoga bisa menjadi pegangan sejarah bagi generasi penerus di masa yang akan datang dan bisa kita ambil manfaat dan sari tauladan dari sesepuh-sesepuh dan pendiri desa Padeg tercinta ini, tak lupa di sini penulis memohon maaf yang sebesar-besarnya apabila dalam penulisan ini masih banyak kekurangan dan kekeliruan.